汉兵起，窦融随王邑军在昆阳大败(参见昆阳之战)，撤归长安。汉兵长驱入关。在王邑推荐下，窦融被任命为波水将军，赐黄金千斤，引兵进驻新丰。王莽失败，窦融率军投降更始大司马赵萌，任校尉。赵萌十分看重他，推荐窦融为钜鹿太守。

窦融见更始帝新立，东方尚在乱离之中，加上窦家累世在河西，习知当地风俗，因而不想出关。他对兄弟们说：“天下安危未可知，河西殷 富，带河为固，张掖属国精兵万骑，一旦缓急，杜绝河津，足以自守，此遗种处也”(《后汉书?窦融列传》)。兄弟们都认为他言之有理。
窦融去见赵萌，说自己不想到钜鹿郡，而想出守河西。赵萌替他奏明更始帝，于是朝廷任命窦融为张掖属国都尉(武帝时置属国都尉，以主蛮夷降者)，窦融大喜，立即带领家人西行。到任后，他安抚百姓，交结豪俊，对羌人示以恩信。于是吏民拥戴，河西归心。

当时，酒泉太守梁统、金城太守厍钧、张掖都尉史苞、酒泉都尉竺曾、敦煌都尉辛肜以及州郡中英彦之士，均与窦融交好。更始政权败亡后，窦融召集梁统等人商量说：“今天下扰乱， 未知所归。河西斗绝在羌胡中，不同心暞力则不能自守；权钧力齐，复无以相 率。当推一人为大将军，共全五郡，观时变动。”大家一致同意这一建议，并推举窦融任行河西五郡大将军事，主持大局。因为窦融家族几世任河西官吏，深得民心。从此，窦融拥众割据。

当时，武威太守马期和张掖太守任仲没有参与其事。窦融等便写公文晓示二人。二人解脱印绶离任而去。窦融便任命梁统为武威太守，史苞为张掖太守，竺曾为酒泉太守，辛肜为敦煌太守，厍钧为金城太守。窦融仍然驻居属国，兼任都尉之职，设置从事，监察五郡事务。

河西地区，民俗质朴，而窦融等为政又比较宽和，于是，上下相亲，晏然富殖。平时，军民一起习练兵马骑射和烽燧之警。一有外兵侵犯，窦融就自己率兵与诸郡兵士前去救助平定。后来，匈奴和羌人都震服亲附。安定、北地、上郡百姓为避灾荒兵火逃到这里来的，也越来越多。
后来，窦融听说光武帝刘秀即位，便想东向归附，但河西路途险远，不能自通。正巧当时隗嚣先归附汉室，称建武年号，窦融等便依从隗嚣，受汉朝正朔。隗嚣表面上虽顺应官民将士的心愿归附汉朝，内心却存有异志。他派舌辩之人张玄游说河西，张玄对窦融说：“更始帝刘玄事业已成，却转眼败亡，这已清楚地表明刘姓不可能再复兴了我们有所归属，终不自由。一旦受制于人，自失权柄，后果危殆，悔之莫及!如今天下豪杰争锐竞胜，雌雄未决，我们应该各自占据土地，与陇蜀势力结合，胜利了，可为六国；就算失败了，至少也能如尉佗一般割据称雄。”
窦融召集豪杰和太守们商量此事，有智之人都说：“刘秀天命所归，而且，在目前天下称帝的人当中，他的土地最广阔，甲兵最强盛，号令最严明，别人远远比不上。”诸郡太守的宾客们，意见略有分歧。窦融经过慎重考虑之后，决定东归光武帝刘秀，建武五年(29年)夏，派遣长史刘钧向光武帝通诚献马。

光武帝接见刘钧，心中异常高兴，他盛情款待刘钧之后，便命他带着自己亲加玺印的书信回河西，信中对窦融非常坦诚直率地分析了形势，劝他拿定主意，早作决断：“制诏行河西五郡大将 军事、属国都尉：劳镇守边五郡，兵马精强，仓库有蓄，民庶殷富，外则折挫羌胡，内 则百姓蒙福。威德流闻，虚心相望，道路隔塞，邑邑何已！ 长史所奉书献马悉至，深知厚意。今益州有公孙子阳，天水有隗将军，方蜀汉相攻，权在将军，举足左右，便有轻重。以此言之，欲相厚岂有量哉！诸事具长史所见， 将军所知。王者迭兴，千载一会。欲遂立桓、文，辅微国，当勉卒功业；欲三 分鼎足，连衡合从，亦宜以时定。天下未并，吾与尔绝域，非相吞之国。今之议者， 必有任嚣效尉佗制七郡之计。王者有分土，无分民，自适己事而已。今以黄金二百斤赐将军，便宜辄言”(《后汉书?窦融列传》)。并任命他为凉州牧。

光武帝玺书一到，河西震惊，全体官员将士都佩服光武帝明察万里之外，洞见徘徊之情。窦融又派刘钧上书光武帝，表明自己决意附汉，并无徘徊观望之心。他说：“臣融窃伏自惟，幸得托先后末属，蒙恩为外戚，累世二千石。至臣之身，复备 列位，假历将帅，守持一隅。以委质则易为辞，以纳忠则易为力。书不足以深达至 诚，故遣刘钧口陈肝胆。自以底里上露，长无纤介。而玺书盛称蜀、汉二主，三分鼎足之权，任嚣、尉佗之谋，窃自痛伤。臣融虽无识， 犹知利害之际，顺逆之分。岂可背真旧之主，事奸伪之人；废忠贞之节，为倾覆之事；弃已成之基，求无冀之利。此三者虽问狂夫，犹知去就，而臣独何以用心！谨遣同产弟友诣阙，口陈区区”(《后汉书?窦融列传》)。窦友到高平，隗嚣反叛，道路隔绝，只好转回，派司马席封偷度至汉，通达书信。汉武帝又命席封带信给窦融、窦友，真诚地给予安抚慰问。

窦融深知光武帝的意旨，便写信给隗嚣责备他不该叛汉。信中说：“伏惟将军国富政修，士兵怀附。亲遇□会 之际，国家不利之时，守节不回，承事本朝，后遣伯春委身于国，无疑之 诚，于斯有效。融等所以欣服高义，愿从役于将军者，良为此也。而忿悁之闲，改节易图，君臣分争，上下接兵。委成功，造难就，去从义，为横谋，百年累之，一朝毁之，岂不惜乎！殆执事者贪功建谋，以至于此，融窃痛之！当今西州地埶局迫，人兵离散，易以辅人，难以自建。计若失路不反，闻道犹迷，不南合子阳，则北入文伯耳。夫负虚交而易强御，恃远救而轻近敌，未见其利也。融闻智者不危觽以举事，仁者不违义以要功。今以小敌大，于觽何如？□子徼功，于义何如？且初事本朝，稽首北面，忠臣节也。及遣伯春，垂涕相送，慈父恩也。俄而背之，谓吏士何？忍而□之，谓留子何？自兵起以来，转相攻击，城郭皆为丘墟，生人转于沟壑。今其存者，非锋刃之余，则流亡之孤。迄今伤痍之体未愈，哭泣之声尚闻。幸赖天运少还，而将军复重于难，是使积痾不得遂瘳，幼孤将复流离，其为悲痛，尤足愍伤，言之可为酸鼻！庸人且犹不忍，况仁者乎？融闻为忠甚易，得宜实难。忧人大过，以德取怨，知且以言获罪也。区区所献，唯将军省焉”(《后汉书?窦融列传》)。隗嚣不听窦融的意见。窦融便和五郡太守一起厉兵秣马，上疏光武帝，请示日期，准备出兵进击隗嚣，为汉廷效命。

光武帝见窦融如此忠诚，深为嘉美。专门派人给他送去外属图及太史公《五宗》、《外戚世家》、《魏其侯列传》。并下诏给他，诏书中先表彰窦氏与自己的亲戚关系以及窦氏祖上对汉王朝的贡献，然后说，有人从天水来，把窦融写给隗嚣的信抄来了，读后令人痛入骨髓，“畔(叛)臣见之，当股栗惭愧，忠臣则酸鼻流涕，义士则旷若发矇。非忠孝悫诚，孰能如此?岂其德薄者所能克堪”(《后汉书?窦融列传》)?诏书中还指出，隗嚣见窦融不肯帮助自己，肯定会造作离间之言，而朝廷中也可能有人因为不了解本意，传言乖实，令人失望。请窦融有思想准备。最后，诏书中表示，关东已经平定(参见东汉统一关东之战)，大军即将西征，请窦融整顿士马，准备配合大军，一起建功立业。
更始年间，先零羌封河等部曾杀死金城太守，占有其郡，因而隗嚣派来使者，贿赂封何，与之结盟，想调发封何兵众，以拒汉兵。窦融等乘部队便利，击破封何，斩首千余级，得牛马羊万头，谷数万斛，因并河扬威武，等待光武帝亲征。

窦融担心此后汉朝不再出兵，上书给光武帝，说明利害：“隗嚣闻车驾当西，臣 融东下，士觽骚动，计且不战。嚣将高峻之属皆欲逢迎大军，后闻兵罢，峻等复疑。嚣 扬言东方有变，西州豪桀遂复附从。嚣又引公孙述将，令守突门。臣融孤弱，介在 其闲，虽承威灵，宜速救助。国家当其前，臣融促其后，缓急迭用，首尾相资，嚣 埶排迮，不得进退，此必破也。若兵不早进，久生持疑，则外长寇雠，内示困弱， 复令谗邪得有因缘，臣窃忧之。惟陛下哀怜”(《后汉书?窦融列传》)！光武帝深以为然。

建武八年(32年)夏，光武帝亲自西征(参见东汉平陇西之战)，窦融闻讯，率步骑数万、辎重车五千多辆策应，在高平第一城会师。在拜见光武帝之前，窦融先派手下人去请教会见礼仪。当时，戎马倥偬，兵战连年，诸将三公交错于路，因而礼仪疏简。光武帝得知窦融先问礼仪，十分高兴，于是宣告百僚，置酒高会，用特别优厚的礼节接待窦融等人。任命窦融的弟弟窦友为奉车都尉，堂弟窦士为太中大夫。接着，光武帝与窦融一起进军，隗嚣大败，城邑都归降了汉朝。光武帝为回报窦融所建的大功，封他为安丰侯，封窦友为显亲侯。武锋将军竺曾为助义侯，武威太守梁统为成义侯，张掖太守史苞为曪义侯，金城太守厍钧为辅义侯，酒泉太守辛肜为扶义侯。封爵完毕，光武帝东归，窦融等回镇原地。
窦融因为兄弟二人，都受侯封，而且久驻外镇，专有方面之权，于是，内心常怀戒惧，不能自安，屡次上书朝廷，请求派人来替代自己的职务。光武帝下诏回复，说：“吾与将军如左 右手耳，数执谦退，何不晓人意？勉循士民，无□离部曲”(《后汉书?窦融列传》)。

陇、蜀平定之后，朝廷下诏，命窦融率五郡太守一起到洛阳奏陈事务。于是，窦融等奉诏东行，官属宾客相随，驾车千辆，牛羊遍野。窦融先到洛阳城门，奉上凉州牧、张掖属国都尉、安丰侯印绶。光武帝派使者发还侯爵印绶，立即接见了他，使他盾于侯位。几个月后，任命他为冀州牧，又过十几天，升任他为万司空，赏赐优厚，恩宠无加，倾动京师。窦融因为自己本非光武帝旧臣，而一人朝廷，就蒙此厚思，位在功臣之上，所以每次进见，容貌都非常卑恭，言词也特别谦逊。光武帝见他能识进退，对他愈加亲厚。窦融为人一向谨慎小心。如今久居高位，心中不安，屡次辞让爵位。他先通过侍中转达，然后自己上奏，说年事已高，儿子又不争气，因此不愿再位列诸侯，也不愿把侯爵传给儿子。不久，他又请求进见皇帝，面陈此事此情，皇帝猜测出他的心思，没有召见他。

明帝即位之初，窦家同时在朝的，就有一名三公，两名侯爵，三名娶公主为妻的，四位二千石等级的官员。在京师，祖孙官府相望，甲第连云。当时外戚、功臣无人能比。

明帝永平二年(59年)，窦融的堂侄护羌校尉窦林犯罪被杀，明帝下诏书切责窦融，并举出西汉窦婴、田蚡之事为戒。窦融惶恐不已，上书请求离职。明帝命他归家养病。第二年，窦融交上卫尉印绶。

窦融在宿卫任上十多年，年纪老迈，子孙放纵妄诞，多行不法。长子窦穆交结轻薄之徒，嘱托郡县，甚至矫称太后诏命，贴乱政事。明帝大怒，把窦穆等官职全部免除，命携家属归其故郡，只把窦融留在京师。窦穆等西行，到达函谷关，皇帝又下令命他们回京。正好，窦融去世，享年78岁，谥戴侯。其弟之子窦固、曾孙窦宪皆为名将。

点评：窦融善于把握机遇，他“始以豪侠为名，拔起风尘之中，以投天隙，遂蝉蜕王侯之尊，终膺卿相之位”(《后汉书?窦融列传》)。窦融善于自处，明哲保身。他任职朝廷、位高爵显之后，虽乏经国之术，但却明于进退之礼。谦逊谨慎，放远权宠，小心翼翼，如履薄冰，表现出过人的谋身之智，因而特蒙光武优渥礼遇。只可惜子孙骄纵，终致衰微，良足叹惋!