薛姓起源有三：
一、出自任姓，得姓始祖为奚仲。相传薛姓先祖最早源自古代任姓部落，是人文始祖黄帝的后裔。据《元和姓纂》、《新唐书·宰相世系表》、《通志·氏族略》等资料记载，黄帝一生共有25子，为4母所生，成年后皆以德行出众，受封为12个不同的姓族，散居于各地。其中幼子禹阳在颛顼帝时受封于任（今山东省济宁），而为任侯。禹阳之裔孙以邑为氏，形成任姓，其后任姓几经发展壮大，人才兴旺，支系庞杂。
禹阳的第十二世孙奚仲，是中国历史上鼎鼎有名的人物，夏舜因其精工巧思、发明车辆有功，特任命为车正（官名），专门管理天下车辕之事，奚仲因此也被视为车的
创造者，受后人仰慕。车辆的发明使用大大加快了中华文明的步伐，禹赐封奚仲以薛（今山东省藤州东南）为邑，称薛侯。奚仲家人闻讯都以此为荣，不少人甚至索性以薛为氏，表示纪念，是为薛姓之始。后来，奚仲曾一度迁居于邳（今山东省微山西北）。
传至奚仲第十二世孙仲虺，已是夏朝统治末期，随着夏桀的统治摇摇欲坠，商汤的势力在东方兴起，在众多诸侯国纷纷叛离夏桀的形势下，商汤积极筹划灭夏的工作。他启用贤人伊挚为尹，人称伊尹，又任用仲虺为相，在伊尹和仲虺两人共同辅佐下，商汤的进攻势如破竹，很快就灭亡了夏桀，建立了商王朝。作为商的贵族，仲虺及其子孙在祖居地薛邑享有封地和爵位。仲虺的后代有臣扈和祖巳，传到祖巳的七世孙成，迁国于挚，国号由薛国改为挚国。
商末，活动于岐山之阳的周族部落首领季历娶挚国国君成的女儿大任为妻，生子姬昌，这就是历史上有名的周文王。到周文王次子周武王兴兵克商后，分土建邦，大封天下诸侯，复封成的后裔为薛侯。薛姓人复又回到发源地生活，此后薛人一度迁居于邳，又曾在挚地生活多年，这些地方都留下了薛人生活的印迹，但薛地作为薛人的肇始之地，仍是薛人最重要的发展蕃息之地。
春秋时期，周天子直接统治的地域日益缩小，控制诸侯的权力也日益丧失。而一些地方经济较为发达、军事实力日渐增大的诸侯国，却积极发展自己势力，欲图称霸诸侯。至公元前7世纪中叶，齐桓公得贤相管仲辅佐，连灭周边小国，成为当时纵横捭阖、咤叱风云的一位霸主。薛国作为西周王朝的一个小诸侯国，其国人在薛侯的领导下安分守己地生活着，对当时诸侯争霸采取不参与政策。迫于齐国的强大，当时众小侯国纷纷向齐国进贡屈服，独有薛侯不听命于齐桓公的调遣。不可一世的齐桓公的霸主地位竟遭到国力弱小的薛国国君的挑战，齐桓公恼羞成怒，假借周天子的名义，降罪于薛侯，将薛侯的爵位降黜一级，由侯贬黜为伯。大约在战国中期，薛国被战国七雄中疆土最大、拥有百万大军的楚国所灭，国土臣民尽归于楚。国破家亡的薛公子登不得不听任楚王的派遣，楚怀王封其为沛公，强令登仕楚为官，为自己服务。悲愤满怀的公子登就任未已，即趁机离去，辗转隐藏于市井赌徒之间，为了纪念失去的国土，他便以国名作为自己的姓氏，后人称他为薛公。
薛国历经夏、商、周三代，凡64世，以下为有史可记的世次：畛一初一厉侯陵一宣武侯房一哀侯褒一庄侯元一平侯贵一昭侯直一襄侯夷一桓侯辨一康侯安兴一定公箱一恭侯尚一景侯魏一宣侯伯勤一简侯文欢一惠侯夷黄一灵侯英一文侯俱一隐侯清一愍侯洪，战国后期为楚所灭。薛国族人辗转迁徒，始终不忘先祖列宗，国灭后以国为氏，称薛氏。

二、出自虞舜的妫姓，为孟尝君（田文）之后。孟尝君是著名的“战国四公子’之一，其父齐相田婴被齐缗王封于薛（即任姓薛国旧地），田婴死后，田文袭封，仍以薛为食邑。至秦灭六国，失封，子孙分散。西汉初，田文之孙田国、田陵到竹邑（今安徽省宿县北）居住，以封邑命氏，遂为薛氏。以上两支薛氏通常认为是当今薛姓的主要组成部分，虽然出自任姓的要比出自孟尝君的略早一些，但他们同出于一个地方，就是古时的薛地。

三、赐姓改姓及少数民族改姓
薛姓与其他历史悠久的大姓一样，在漫长的发展历程中，不断兼容并蓄、演进壮大，宗族队伍日渐兴盛。除了先前提到的两支姓源之外，历史上薛姓也有不少较为复杂的旁支别系融入或衍出，他们有的是经民族融合改姓而来，有的则是皇帝钦令御赐，更有直接源出于少数民族的薛姓，下面就此作一简介。
赐姓：在中国封建社会的历朝各代中，一般来说，身份地位越高，与皇帝的渊源关系越密切，其姓氏相应地也就越尊贵，影响也越大。但为了笼络人心，彰布皇帝崇德威仪，历朝封建皇帝也经常通过赐名改姓的方式来达到昭示荣宠、褒奖臣属的目的。如唐代武则天时期的薛怀义，本姓为冯，名小宝，因其体格健硕、俊朗过人而深得武则天的宠爱。由于他的身份卑微，又非科举出身，为了提高冯小宝的地位，武则天便称赐与自己的女儿太平公主的驸马薛绍同族，令其改姓薛，并命薛绍拜之为叔父。冯小宝改名换姓后称薛怀义，与武则天公行于宫闱之间，旦夕富贵，恩宠有加，曾显赫一时，被世人以薛师相称。《明史·薛斌传》载：明初皇帝赐蒙古贵族托果齐姓薛名台，托欢姓薛名斌。赐姓是皇帝对臣属的殊荣，故一人受赐，全族荣耀。冯小宝发迹后，其兄弟子侄乃至姻亲裔孙纷纷冒姓薛氏，以崇其位，此后沿袭不改。内附的少数民族往往因酋长获姓，整个部族均随之姓薛。
改姓：中国自古以来就是一个多民族的统一国家，一部中华民族的演进史，实际上也是一部民族的交流融合、共同进步的历史。在这一过程中，汉族与各少数民族相互融合，频繁往来，逐渐形成了你中有我、我中有你的密不可分的关系，使中华民族的发展呈现出一派绚丽多姿的景象。以薛姓为例，既有少数民族改宗换姓为薛，也有薛姓汉人融入少数民族却仍坚持旧姓者。
1、鲜卑族叱干氏：《魏书·官氏志》记载：“叱干氏，后改为薛氏。”叱干氏源出鲜卑叱干部，亦译作薛干部。
鲜卑族是中国古代北方游牧部族之一。曹魏后期，拓跋鲜卑兴起于西部，降服了濡源以西直至五原的诸部落，建都于盛乐（今内蒙古和林格尔县北），其首领力微遣太子入魏朝聘，长期留居洛阳达17年（26l—277）；晋怀帝时，首领猗卢受晋封为大单于、代公。东晋孝武帝太元元年（376年），拓跋鲜卑的代国被苻坚所灭，十一年（386年），拓跋硅复国，并改国号为魏（北魏）。这一时期，尤其是北魏统治的一个半世纪中，鲜卑族进一步吸收汉文化，渐与汉人融合。至北魏孝文帝，为进一步强化统治，巩固政权，争取中原汉族地主支持，增进胡汉融合，孝文帝决定顺应形势，推行一系列的汉化改革，要求朝廷上下“禁胡服，断北语，改姓氏，定族姓”，强令鲜卑族人从政治、经济、文化等各个方面迅速汉化，并将本民族的二三字以上的复姓改为单音汉姓，如皇族拓跋氏改为元姓，独孤氏改为刘姓，“其余所改，不可胜纪”。在这场声势浩大的改姓浪潮中，叱干部遂改为薛，成为薛姓成员之一。《北齐书·薛（王叔）传》中记载：“薛（王叔），字昙珍，河南人。其先代人，本姓叱干氏。”由此可知，薛姓的一支确实来自鲜卑族。
2、匈奴薛氏：匈奴是中国古代北方游牧部族，又称胡。战国时匈奴开始与中原各政权接触，其后长期影响中原各地，直至南北朝后期，匈奴之名逐渐消失。通过战争、和亲和关市，匈奴在很多方面接受了汉文化的影响。
关于匈奴薛氏来源，因史料不详，今已无从查考。仅《魏书·裴延俊传》附《裴庆孙传》载：“正光末，汾州吐京群胡薛悉公、马牒腾，并自立为王。”吐京地望在今山西石楼西北15公里处。匈奴最先活动于今蒙古高原一带，东汉时因内讧分成南北二部，南匈奴后来南下附汉，并几经辗转最后定居于今山西离石一带。由于长期与汉人杂居生活，交往密切，南匈奴各部逐渐放弃原来的游牧生活转而农耕定居，出现汉化趋势，至魏晋时，甚至纷纷改用汉姓。如南匈奴单于原姓虚连疑，这时也改姓刘，匈奴薛姓或许也形成于这一时期。
3、薛延陀：薛延陀，隋唐时期北方游牧民族铁勒的一支，由薛部与延陀部组成。据传，薛部先祖本是汉人，后来流落到漠北一带并在此蕃息发展不断壮大起来，成为当地的一个游牧部落。为了表示不忘先祖，他们便以薛为部落名称。以后薛部在与邻近的延陀部战争中获胜并其部而有其众，两部遂合二为一，称薛延陀。突厥汗国建立后，铁勒诸部并役属于突厥，成为其骑兵的重要组成部分。东西突厥分裂后，居阿尔泰山西南部之薛延陀受西突厥统治。铁勒诸部反抗西突厥统治，建立了第一个部落联盟，不久即被西突厥所灭。后薛延陀建汗国，统辖东突厥之故地，此为铁勒建立的第二个部落联盟。汗国自建国于漠北后，存在时间近20年（628—646），后为唐所灭。唐以其地置六府七州。以薛延陀部置奚弹、祈连二州，并隶燕然都护府。
薛延陀灭亡后，部众四散流徙，或南下附唐，或并于他族，其中一部分人“以族为氏”，而改姓了汉族的薛姓。居住在今蒙古的杭爱山脉的薛姓人家，其中就有薛延陀的后裔，因为薛延陀族原来就居住在这里。