裴仁基，祖父伯凤，是北周汾州刺史。父亲裴定，上仪同。仁基少年骁勇，善於骑马射箭。平陈之战，以亲卫兵的身份跟随出征，首先冲入敌阵，任命为仪同，赏赐织物一千段。以本官兼任汉王杨谅府亲信。杨谅反叛，仁基苦苦劝谏而被囚禁。杨谅失败，破格任命为护军。后来改任武贲郎将，跟随将军李景在黔安讨伐叛乱的蛮族向思多，因为军功升为银青光禄大夫。进攻打败吐谷浑，加授金紫光禄大夫。杀败俘获了来侵犯的靺鞨，任命为左光禄大夫。跟随征讨高丽，晋升为光禄大夫。李密据守洛口，皇帝命令仁基任河南道讨捕大使，据守武牢抵抗李密。仁基看到大敌当前，士兵疲劳，所得到的军用物资，当即就分别赏给将士。监军御史萧怀静制止他这样做，大家都对怀静感到愤怒。怀静又暗地搜集仁基的过失，想要上奏弹劾仁基。仁基害怕，杀死怀静，带领部队归附了李密。李密授他为河东郡公。他的儿子行俨，英勇善战，李密又授他为绛郡公，对他们非常信任亲昵。王世充因为东都的粮食吃完了，率领全部人马抵达偃师，寻求决战。李密和将领商讨对策。仁基说：“世充把全部精锐部队都带来了，洛阳一定空虚，可以分派军队守住各重要通道，让他无法东进，我们再挑选三万精兵，沿黄河西进，以逼近东都。如果世充退回，我们就按兵不动；如果世充再次进军，我们就又逼近洛阳。这样，我方可以有充裕的体力，而敌方则疲於奔命。兵法上所说的对方出战我退回，对方退回我出战，多次挑战使敌人疲劳，使用这策略迷惑敌人。”李密说：“裴公知其一，不知其二。洛阳的军队有三方面难以抵挡，器械精良是其一，为了决战而来是其二，粮食吃完而战是其三。我方按兵不动蓄积力量而寻求敌人的弱点，对方求战而找不到机会，想走又无退路，不超过十天，世充的人头可以悬挂在我的军旗之下。”单雄信等各路将领轻敌，都请求出战。仁基苦苦劝阻不住。李密难以违抗将领们的请求，出战结果大败。仁基被世充俘虏。世充因为仁基父子都勇猛无比，对他们很礼敬，将侄女嫁给行俨为妻。等到他伪称帝号，任命仁基为礼部尚书，行俨为左辅大将军。行俨每次出战，所向披靡，号称万人敌。世充对他的威名感到害怕，对他有猜忌防范。仁基知道了这种情况，内心很不安，便和世充任命的尚书左丞宇文儒童、尚食直长陈谦、秘书丞崔德本等人密谋，让陈谦在送食物的时候，持匕首劫持世充，行俨带兵去接应，事情成功后，再去辅佐越王杨侗。事情即将发生，将军张童儿告发了他们，全都被世充杀害